Parafia w Zielonce Pasłęckiej została erygowana w 1506 roku, reerygowana po II wojnie światowej w 1962 roku. Obecny kościół parafialny św. Jana Chrzciciela został zbudowany w latach 1778-1792.

Proboszczem Parafii, od 2015 roku, a jednocześnie kustoszem Sanktuarium Jezusa Miłosiernego jest Ks. Piotr Molenda – wicedziekan dekanatu Pasłęk II. Pierwszym proboszczem i kustoszem sanktuarium był Ks. Kan. Czesław Drężek.

Do parafii Zielonka Pasłęcka należą miejscowości: Awajki, Kielminek, Kronin, Majki, Marzewo, Tolpity, Wakarowo, Wojtowizna i Zielonka Pasłęcka.

W 1987 roku biskup warmiński Edmund Piszcz intronizował w kościele św. Jana Chrzciciela w Zielonce Pasłęckiej cudowny obraz Pana Jezusa Miłosiernego oraz wydał dekret, w którym napisał m.in.: „Dla pogłębienia wiary i umocnienia świętości ludu Bożego ustanawiam niniejszy kościół parafialny w Zielonce Pasłęckiej diecezjalnym sanktuarium Jezusa Miłosiernego”.

Coraz liczniej przybywających pielgrzymów przyciąga, obok cudownego obrazu, Golgota wybudowana z polnych kamieni obok kościoła w latach 1986-87. W pobliżu świątyni znajduje się również grota Matki Bożej z Lourdes.

W ostatnich latach wybudowano w Zielonce Pasłęckiej niezwykłą Drogę Krzyżową, która ciągnie się na przestrzeni 2,5 km wśród domów i zagród mieszkańców wioski.

Najwięcej pątników przybywa do Zielonki Pasłęckiej w trzecią niedzielę września, kiedy to organizowane są uroczystości dziękczynne za plony – dożynki diecezjalne. Licznych pielgrzymów gromadzą także uroczystości odpustowe: w Niedzielę Miłosierdzia Bożego oraz w Uroczystość narodzenia św. Jana Chrzciciela.